马来西亚理工大学硕士专业涵盖了哲学康复技术硕士、工学硕士学位(环境管理)、理学硕士生物技术、哲学岩土工程硕士学位、哲学液压学硕士学位、哲学运输硕士学位、科学硕士学位(安全，健康与环境)、科学信息安全硕士学位、教育硕士学位(指导与辅导)等，马来西亚理工大学硕士学制为1.5年起。
生物医学工程与健康科学学院
理学硕士生物医学工程
理学硕士生物技术
哲学生物医学工程硕士
哲学康复技术硕士
哲学生物科学硕士
土木工程学院
工程硕士学位 (土木)
工程硕士学位(建筑管理)
工学硕士学位(环境管理)
工程硕士学位(岩土工程)
工程硕士学位(液压与水文学)
工程硕士学位(结构)
工程硕士学位(交通运输)
沿海与海洋哲学硕士学位
哲学建设硕士学位
哲学环境硕士学位
哲学岩土工程硕士学位
公路与交通哲学硕士学位
哲学液压学硕士学位
哲学液压与水文学硕士学位
哲学水文学与水资源学硕士学位
哲学材料硕士学位
哲学结构与材料硕士学位
哲学结构硕士学位
哲学运输硕士学位
化学与能源工程学院
气体工程与管理硕士学位
石油工程硕士学位
理学硕士学位 能源管理)
理学硕士学位(草药技术)
科学过程工厂管理硕士学位
科学硕士学位(安全，健康与环境)
理学硕士学位(高分子技术 )
哲学气体工程硕士学位
哲学高分子工程硕士学位
哲学环境工程硕士学位
哲学石油工程硕士学位
科学信息安全硕士学位
计算学院
理学硕士学位(数据科学)
计算机科学硕士学位
哲学软件工程硕士学位
哲学计算机科学硕士学位
电气工程学院
工程硕士学位 (计算机与微电子系统)
工程硕士学位 (电子与电信)
工程硕士学位(机电和自动控制)
工程硕士学位 ( 电力)
工程硕士学位(无线通信和网络)
哲学电气工程硕士学位
机械工程学院
理学硕士学位 (先进制造技术)
科学工业工程硕士学位
机械工程理学硕士学位
科学材料工程硕士学位
理学硕士学位（船舶与海洋工程）
航空工程理学硕士学位
理学硕士学位 (汽车工程)
哲学机械工程硕士学位
海洋技术哲学硕士学位
教育学院
教育硕士学位(化学教育)
教育硕士学位(课程与教学)
教育硕士学位 (教育与发展)
教育学硕士学位 (教育心理学)
教育硕士学位 (教育技术)
教育硕士学位(指导与辅导)
教育硕士学位(管理与行政)
教育硕士学位(数学教育 )教育硕士学位 (测量与评估)
教育硕士学位 (物理教育)
教育硕士学位(英语作为第二语言教学-TESL)
教育硕士学位(技术和职业教育)
哲学硕士学位 (化学教育)
哲学硕士学位(课程与教学)
哲学硕士学位 (教育与发展)
哲学硕士学位 (教育心理学)
哲学硕士学位 (教育技术)
哲学硕士学位(教育指导与辅导)
哲学硕士学位(教育管理与行政)
哲学硕士学位(数学教育)
哲学硕士学位 (教育测量与评估)
哲学硕士学位(多媒体教育)
哲学硕士学位(在线学习)
哲学硕士学位(物理教育)
哲学硕士学位(英语作为第二语言的教学-TESL)
哲学硕士学位(技术与职业教育 )
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