马来西亚大学分为公立和私立，以及部分海外大学马来西亚分校，马来西亚公立大学和私立大学区别，公立大学由政府出资成立，教育资源丰富，留学费用低廉，学科设置偏向于理论学科，入学门槛也要比私立大学稍高一些，私立大学专业设置更为广泛，留学条件宽松，学费却要比公立大学稍高一些。
招生条件
因为马来西亚的公立学校有95%以上都是马来人，这样就造成了招收条件上的不平等性。一方面是专业性的不平等，体现在专业的招生过程中往往名额都是留给马来西亚的学生，国际学生比较难申请到一些就业前景很好的专业，如经济、会计等商科类的课程;另一方面对于马来的学生，学校会实行各类的学费的优惠及减免政策和制度，但国际学生基本上享受不到任何的奖学金或学费的减免。
在私立大学当中，由于生源基本上都来自于国际学生，这样所有的学生都是凭借自己的成绩和学术背景去申请，录取与否是在于个人条件而非国籍，对各个国家学生的数量没有差别性的限制，而且这样一来，国际学生就可以选择去申请自己喜欢的专业和科目。
教育方式
马来西亚公立的大学偏重基础学科的研究和教学，承担国家高等教育的使命;而私立大学是依托市场生存，在课程设置以需求为导向，更注重实践性、应用性。
对于想要做学术研究的学生来说，公立大学是一个比较好的选择;对于毕业后考虑直接工作的学生来说，私立大学也是好选择。
教学规模
一般来讲，马来西亚公立的大学的创办年限都要比私立的大学时间长，可以说是初具规模并且在校学生的数量也很多，有很大的稳定性。私立大学收入来源主要是科研收入、基金会捐助以及学费，其中学费收入在大多数私立学校中占大头部分。
因此，在自负盈亏的压力下，私立大学都十分注重办学质量、专业设置，以保证学生的就业率，从而吸引更多的生源。所以，私立大学的在校学生越多，越能说明其办学实力及在学术界的影响力。一旦私立大学出现生源不足现象，经费短缺的后果就是关门破产。
就业前景
马来西亚是非移民国家，所以大多数选择马来西亚的学生大多数是想以马来西亚为中转站。如果毕业于马来西亚公立的大学，毕业之后只能选择留在马来西亚工作或回国之后重新申请其它英联邦国家。
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