马来西亚理工大学硕士分为研究型、授课型和混合型，其中马来西亚理工大学研究型硕士较为常见，理科类研究型硕士涵盖了海洋科学、水生物学、动物学、分子生物、物理、化学、统计学、项目管理、药剂学等，文科类研究型硕士涵盖了政治学、经济学、金融学、会计、美术、音乐等。
理科类-纯科学
(海洋科学) -政策和国际研究中心；(水生生物学) -远程教育学院；(动物学) -远程教育学院；(分子生物) -远程教育学院；(统计学) -远程教育学院-远程教育学院；(环境生物学)远程教育学院；(物理) -物理学院；(统计学)数学科学学院；(数学) -数学科学学院；(物理) -远程教育学院；(数学) -远程教育学院；(化学) -远程教育学院；(环境科学) -远程教育学院；(化学)化学科学学院；(环境生物学)生物科学学院(应用寄生虫学) -生物科学学院；(应用昆虫学)-生物科学学院；(植物病理学)-生物科学学院；(水生生物学)-生物科学学院；(生物技术) -远程教育学院；(植物学) -生物科学学院；(动物学) -生物科学学院；(微生物学)生物科学学院；(海洋科学) -生物科学学院；(海洋科学) -海洋和海岸研究中心；(分子生物) -化学生物中心；(生物技术)-化学生物中心；(微生物学) -化学生物中心；
理科类-应用科学
(可持续发展) - 全球可持续发展研究中心；(分析生物化学) -分析生物化学研究中心；(药剂学) -药物研究中心；(医疗生物技术) -马来西亚医药保健食品研究所；(建筑测量) - 房屋、建筑与规划学院；(项目管理) - 房屋建筑与规划学院；(临床药学) -药物科学学院；(建筑工程学) -房屋、建筑与规划学院；(生物资源、造纸和涂料技术) -工业技术学院；(生物工艺技术)-工业技术学院；(建筑学) -房屋、建筑与规划学院；(药物科学) -药物科学学院；(药物化学)-药物科学学院；(社会与管理药学) -药物科学学院；(制药工艺学)-药物科学学院；(生理学) -药物科学学院；(药物学) - 药物科学学院；(环境技术) -工业技术学院；(食品工艺学) -工业技术学院；(工料测量) -住房、建筑和规划学院；(室内设计) - 房屋建筑与规划学院；(房屋学) -房屋、建筑与规划学院；(规划研究) -房屋建筑与规划学院；(计算机科学) -计算机科学学院；(药剂学) -国家毒物中心；(高级计算机网络) -国家高级IPv6中心；(光电学) - 纳米光电研究技术所；
文科-纯文科
(考古学) -全球考古学研究中心；(政治学) -远程教育学院；(经济学) -远程教育学院；(人类学/社会学) -远程教育学院；(历史学) -远程教育学院；(文学) -远程教育学院；(地理学)远程教育 学院；(高等教育) -IPPTN；(心理学) -社会科学学院；(政治学) -社科学院；(发展规划和管理) -社科学院；(社会工作)一社科学院；(经济学) -社科学院；(人类学/社会学) -社科学院；(口译) -语言、识能暨翻译学院；(翻译) -语言、识能暨翻译学院；(语言研究) -语言、识能暨翻译学院；(语言学) -人文学院；(英语文学) -人文学院；(文明研究) -人文学院；(伊斯兰研究) -人文学院；(历史) -人文学院；(文学)-人文学院；(英语语言研究)一人文学院；(马来语研究) -人文学院；(地理学) -人文学院；(哲学) -人文学院；(文明研究) -远程教育学院；(教育技术) -远程教育学院；(教育学) -远程教育学院；(心理学)-政策研究和国际研究中心；(政治学)-政策研究和国际研究中心；(发展规划和管理)-政策研究和国际研究中心；(社会工作) -政策研究和国际研究中心；(经济学) -政策研究和国际研究中心；(人类学/社会学) -政策研究和国际研究中心；
文科-应用文科类
(管理学) - 远程教育学院；(音乐学) -艺术学院；(可持续发展) -全球可持续发展研究中心；(性别研究)-女性和性别研究中心；(戏剧学) -艺术学院；(美术)-艺术学院；(会计)-管理学院；(金融学) -管理学院；(管理学)一管理学院；(传播学) -传播学院；(教育学) -教育学院；(教育技术) - 教学技术和多媒体中心；
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